本发明涉及区块链技术领域,具体涉及一种基于区块链技术的建设工程电子档案存证方法及系统,提取建设工程电子档案的数字指纹,将数字指纹标记识别码后上传到区块链;将电子档案以及识别码发送给档案需求方;需求方以相同方式提取所接收电子档案的数字指纹,而后从区块链下载识别码对应的数字指纹并比对,若二者一致则判定接收到的电子档案未被更改并接受,若二者不同,则判定接收到的电子档案已被更改,不接受。本发明的实质性效果是:通过提取数字指纹并上链的方案,即保证了企业电子档案文件的扩散可控,又能通过区块链证明原始电子档案文件真实可靠安全,提高大容量电子档案数字指纹的提取效率及大型建设工程设计成果修改升版的管理质量。